小熊可以在小熊星和清华园之间自由穿梭哦~

BIOPHYSICS RESEARCH DIGEST

生物物理科研日报

2026-10-12 · 完整自然日 · 精选 11 篇(期刊 8、预印本 3)

精选 01 · 期刊 · Proceedings of the National Academy of Sciences

细胞身份与表面张力竞争决定肿瘤球基质组织:超越成纤维细胞外壳范式

Cell identity competes with surface tension to determine stromal organization in tumor spheroids beyond the CAF shell paradigm

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者:Claire Wilhelm

三维肿瘤成纤维细胞球与磁力张力测量显示表面张力影响形态,却不能单独预测细胞位置;癌细胞上皮间质状态和组装顺序共同决定中心积聚、混合或外壳。

推荐理由: 定量张力与细胞身份竞争决定组织分选,明确挑战单一力学解释,适合主线精选。

精选 02 · 期刊 · Nature Communications

ClpXP 中央耦联模块控制亚基通信并耦合化学能与力生成

The central coupler of ClpXP controls intersubunit communication and couples intrasubunit chemical energy with force generation

Nature Communications · 第一作者:Robert P. Sosa

光镊、生化和电镜显示 ClpX 中央模块触发邻亚基 ATP 水解,并耦合底物环下移以快速产生解折叠力。

推荐理由: 亚基通信与化学机械转换直接契合非平衡生物物理,优先精选。

精选 03 · 期刊 · Proceedings of the National Academy of Sciences

具有有界性保证的耗散混沌动力学学习

Learning dissipative chaotic dynamics with boundedness guarantees

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者:Sunbochen Tang

作者共同学习动力模型和能量函数,以耗散投影保证轨迹有界;Lorenz 96 与 Kuramoto–Sivashinsky 约化模型保持长期统计。

推荐理由: 形式保证耗散与吸引子约束的预测工具具有普适非平衡价值,值得精选。

精选 04 · 期刊 · Proceedings of the National Academy of Sciences

水介导钉扎热点驱动模板化 Tau 聚集

A water-pinning hot spot drives templated tau aggregation

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者:Chung-Ta Han

实时 NMR、模拟和位点阻断识别易脱湿的 Tau 钉扎热点,随后其余片段锁定;阻断热点抑制纤维扩展。

推荐理由: 水合界面控制模板聚集的两步机制鲜明,值得精选。

精选 05 · 期刊 · Proceedings of the National Academy of Sciences

上皮直接接触调节白细胞肌动蛋白动力学以促进活体上皮内运动

Direct physical contacts with epithelial cells regulate leukocyte actin dynamics to facilitate intraepithelial motility in vivo

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者:Jonathan H. Schrope

斑马鱼活体观察显示上皮限域诱导中性粒细胞中央肌动蛋白膨胀力开路,细胞黏附同时提供牵引。

推荐理由: 环境反馈控制主动细胞推拉力生成直接契合组织物理,优先精选。

精选 06 · 期刊 · Proceedings of the National Academy of Sciences

界面微环境在微纳隔室中促进非生物核糖核苷形成

Interfacial microenvironments enable abiotic ribonucleoside formation in micro- and nanoscale compartments

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者:Qiang Liu

微纳气泡、囊泡及乳液等界面隔室促进无酶核糖核苷生成;界面结构、尺寸和油气组成改变效率与稳定性,部分二氧化碳体系持续积累胞苷。

推荐理由: 界面物理条件控制前生命反应的跨隔室比较有具体软物质新意,值得精选。

精选 07 · 期刊 · Journal of Fluid Mechanics

竖直纤维上弱弹性液膜的时空失稳与拓扑分岔

Spatiotemporal instability and topological bifurcations of a weakly elastic film flowing down a vertical fibre

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者:Kai Tian

长波理论与模拟显示纤维上弱黏弹膜扩大绝对失稳范围,降低饱和幅度却加快破裂,并改变自相似变薄指数和行波轨道。

推荐理由: 弹性、界面失稳和非线性破裂机制直接契合软物质,值得精选。

精选 08 · 期刊 · Journal of Fluid Mechanics

侵入物穿过软固体的运动

The motion of intruders through soft solids

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者:Tom Mullin

实验发现浮力球在水凝胶颗粒软固体自由表面下匀速上升,加盖后转为次线性位移;表面流动和指数浮力速度关系支持边界调控阻力解释。

推荐理由: 软颗粒固体输运与远端边界的非平凡联系有主线新意,适合精选。

精选 09 · 预印本 · bioRxiv

分子马达增强脂质扩散

Lipid diffusion enhanced by molecular motors

bioRxiv · 第一作者:Guerin, G. · 通讯作者:Hsuan-Yi Chen

肌球蛋白 I 在支持膜和向列肌动蛋白层上重塑缺陷;单脂质跟踪与 FRAP 显示富肌动蛋白区受限和亚扩散减少、扩散增强。

推荐理由: 马达活动改变膜输运与向列网络,直接命中活性软物质。

预印本,尚未经同行评议。

精选 10 · 预印本 · bioRxiv

低 CAR 亲和力增强 T 细胞突触动力学与激活

Low CAR affinity enhances T-cell synapse dynamics and activation

bioRxiv · 第一作者:Nguyen, C. · 通讯作者:Kristina Anne Ganzinger

支持脂双层实验中低亲和 CAR 形成更动态突触和快速微簇,招募 ZAP70 并增强钙与 NFAT 响应,支持弱结合促进周转信号的模型。

推荐理由: 结合动力学与膜上集群运动耦合有主线价值。

预印本,尚未经同行评议。

精选 11 · 预印本 · bioRxiv

多价泛素识别调控 Tau 自组装的多个阶段

Multivalent ubiquitin recognition regulates multiple stages of Tau self-assembly

bioRxiv · 第一作者:Muwonge, K. · 通讯作者:Kevin Muwonge

多类分析识别 Tau 的四个泛素结合元件;单和多泛素抑制凝聚并提高剩余液滴流动性,单泛素在无可检出相分离时促进特定突变聚集。

推荐理由: 多价识别对凝聚和聚集的不同作用有具体相行为机制。

预印本,尚未经同行评议。

其他相关文章

血红素结晶抑制的多尺度框架:单分子台阶封盖到寄生虫抑制

A multiscale framework for heme crystallization inhibition: From single-molecule step-capping to parasite suppression · Proceedings of the National Academy of Sciences
颗粒球柱杆致密悬浮液流变的粒子模拟

Rheology of dense suspensions of granular spherocylinders by particle-based simulation · Journal of Fluid Mechanics
条码蛋白变体的多重单分子分析

Multiplexed single-molecule analysis of barcoded protein variants · Nature Communications

依据标题与摘要整理;论文链接指向原始出处。

Veritas:从盘古开天辟地讲起()
Veritas:叙说原初()
小熊白菜:那也行
小熊白菜:从小学二年级看亲戚朋友玩 mc 坐过山车说起 x
Veritas:棱镜树秘封录)

开服之前(早于 2015.7)

这段时期太久远了,在不麻烦父母翻家里几摞尘封光盘的前提下,这段时间的所有事情都不可考证了,只能讲些还记得住的记忆碎片了。

印象中最早见到 mc 大概是一次周末出游,估摸着是小学三四年级,在西安近郊或许是叫做“清水山庄”的一个度假村,看到一个比我大一两岁的亲戚哥哥在展示他手机上 MCPE 里创造建的过山车。当时好像觉得有点意思,但那时候或许在玩部落冲突,也可能是保卫萝卜之流 (啊 mc 都记不清这些梗记不清了),就也没立刻开始玩。

当时在小学微机课上,大家都在玩 4399 和 7k7k。当时 4399 上有 flash 盗版 mc 小游戏,好像只有创造模式。当时我试着玩过,但由于完全不理解左右键的操作和跳跃飞行,于是只能一直向下挖方块直到掉出虚空。(注:这段记忆大概在开始玩 mc 之前,也有可能是之后,但不会晚于 2015 下半年)

后来为什么开始玩 mc 了,是什么契机我记不起了,或许是假期在姥姥家太无聊了,也可能是别的。那是入坑的时候是携带版(MCPE)Alpha0.10 但我确实记得最开始最开始的两张地图,一张是超平坦上的创造,一张是海岛上的生存。

超平坦的那张创造地图,我造了一栋建筑,白色的,大概是石英块做的。结构上,打比方的话比较像现在的紫颂植株,从地上升起,随着高度增加,分叉成若干个小房间,再上升各自分叉。不是均匀的类似二叉树的东西,而是更像紫颂植株那样随机选择一个偏好方向长上去的结构。印象中,当时我就尝试了相邻的房间做出一两格高差的做法 (现在反而只会火柴盒了,悲),建筑一直延伸到了最高限制高度(大概是 128)。我好像当时对这个设计还很满意,或许甚至给姥姥展示过(或者是同学,但没有找到那么早期的记录了)

另一张地图出生在一个海岛上,大概就一两棵树,有草地有沙滩也能下矿,现在看来是很典型的海岛生存了。我很怕怪物,早期相当长时间都只敢开和平玩生存 (这甚至可能一直持续到了四年多以后的「小熊星」服务器阶段)。当时应该是在岛上建了一个火柴盒避难所(虽然不知道避什么难,但建房子总是好的!),在水边的沙滩上种起了一小片甘蔗。岛有些长,大概类似于台湾岛那样,在火柴盒的另一端似乎还有些东西,但我记不清了。我只记得这个岛我也玩的相当开心,以至于后面好几年后,我有可能两次都想找到当时的种子,再玩一次一模一样的岛。第一次应该是很快就要讲到的「白白联机平台」时期,当时或许真的找到了种子并且复现了地图,对那个岛进行了大开发,在前红石时代还造出了沙子门这样的简单机械,后来似乎还放了一道水幕或者岩浆幕将岛和外界隔开。第二次是基岩版的领域 Realms 的免费试用,我当时好像也用类似的地图开了一个,但人数受限,也很快过期了,似乎没给我留下什么印象,但好像出现了一个红石活塞门在那个“另一端的空地上”。

其他的印象都不太清晰了,在准备写秘封录的考古阶段似乎还找到了一张地图(2015.7.8),如图这样:

朋友圈截图

插图 1

插图 2

看图好像能想起来,应该是一个带有海底隧道的两个建筑,建筑主体好像在水下,觉得排水在水下建东西或许很酷。不过这个地图并没给我留下像上面两个那样深刻的印象。

另外值得一提的是,那段时间我应该主要是在用一台妈妈退下来的 iPhone 4/4s 玩 mc,大概是用别人共享账号下的 mc,也可能是万能的多玩盒子。嗯,多玩盒子和它当时推出的一个联机平台是这个时代的象征。一个绿色背景的镐子悬浮窗,在游戏里点开他就可以想获得什么获得什么。不过我不太搞得清楚设备的时间线了,或许当年的 iOS 还没这么严苛,盒子还可以给 mc 开挂 (我相当存疑),或者更可能的是实际上我是在用另一台爸爸退下来的 htc 手机玩 mc 吧。

不过,不管怎么说,多玩盒子即将在我接下来的开服早期发挥无比巨大的作用,就是他让本来只是「白白联机平台」变成了一个可以算是服务器的组织。

要记下来的故事有点多,一次写完秘封录大概是不可能的了。于是敬请期待下一篇《小熊白菜的 MC 秘封录(二):白白联机平台(逃

11 月 11 日 凌晨 纪元之前

解衣不欲睡,月色难入户,茫然不知行,无以为乐,更无与为乐。

今天过得很久,就像是两天,三天,半个礼拜。星期五,调休之后连着的第七个工作日,我只有一节早八,还剩下了三次作业。上早八,我起的很迟,有人迟到了,但我到的很早。课上讲刚体的运动,我写复变函数的作业。下课了,不到十点,复变函数快写完了。本来下午还有两个半小时的大物,这周开始老师说竞赛生可以不去上课,于是也就空了出来。

十点下课,不知道去哪,一周就结束了。拾年咖啡正好离得近,就去咖啡屋里坐着了。喝点东西,在没喝过的咖啡品类里看到了摩卡,是加了巧克力酱的。很好,应该不苦。前两天下午喝卡布奇诺晚上睡不着觉,这次上午十点喝摩卡总不至于再这样了吧。上午十点多的咖啡屋很安静,外面北京也是昨夜淫雨霏霏之后一派清朗的北方秋天。唐学森(不知道什么时候他说自己是水母)前几天好像也许也说上午去咖啡屋学习很好什么的,我也觉得不错。习惯了夜色的这里,看阳光并不直射地照亮屋里,落地窗口外树叶在风里飘摇,很小声的似乎是混着些爵士的音符,确实很有我时常所追求的隔着一扇窗若即若离的清净(可以看看曾经写过的一篇糖果屋 《时代的落幕:纪念》(id:422) 之美。就和水母聊天,他觉得我说咖啡的灵魂是巧克力酱是暴论,我也奇怪,为什么当初我第一次踏上小熊星就遇到了的是热巧克力卷风。他说我可以把巧克力酱随身带着,遇到什么好吃的就加进去。不过确实,这家做的摩卡,有浓浓的巧克力香味,我跟水母说,这就是热可可送奶油盖。喝完了摩卡,写完了复变函数的作业和另外的一些。到中午了,这家咖啡屋有简餐,有些中年人男男女女走进来了,聊着会议活动的策划,聊着谋求教职很卷,聊着媒人什么什么的。中午了,稍微暖和了一些,窗外的树叶不摇曳了,我也觉得有些喧闹,就走了。

天气很好,尤其在前一天的对比之下。好的天气,一定不能在屋里吃午饭浪费掉了。紫荆园四楼的露台上,也不很冷,也完全不晒,白墙青瓦,绿草红漆,蓝天白云。不想在室内排队,就只点了一小份小面,大概能吃个四五分饱吧。端上了之后,就坐在外面。其实也有些凉,外面也没什么人,桌子一边是一对吃的很慢的同学,似乎其中一位有些口腔溃疡,另一边是一位用筷子吃东西的国际生,很少见的一个人吃着饭。我坐在中间。快吃完了,其实可以再坐一会儿,但小面确实有些辣,我也没吃很饱,又有些人来了这里,一组八个人,一组九个人,眼看就要喧闹起来了,我又走了。回到房子里,去买了一只烤红薯,甜的,橙黄色,就像万圣节南瓜。

舍友们下午第一节都有课,我的大物却可以不去了。回来之后思考要不要睡午觉,想想,毕竟喝了咖啡,平时下午闲的时候也不会一回来就睡觉,索性继续把没写完的作业写完了。三点左右的光景,一个舍友回来了,取了东西之后立刻赶去下一节课。我作业写完了,似乎不像我地没有把作业留到周末去。另一个舍友快回来了,我突然很困,就去睡觉了。睡觉里,不一定睡着,模模糊糊,朦朦胧胧,我知道他回来了。我继续睡,睡前很困,有点冷,抱紧抱枕,很舒服。

快五点,起来,去其他宿舍串门。第一间,在打星铁,没什么有意思的。第二间,一个人在睡觉,屋里不亮,苏耘希在看书。我看到一副周易扑克牌,就扑克牌上画六十四卦的一卦,正反看就是两卦,就把卦名和几个字的解释写上,就是一个牌面。他的桌子上还有一本周易和一本讲周易的书。我问他看周易是为占卜还是思想,他说他已经会了占卜。我就让他为我卜一卦。他让我先想好一个要求的问题但不要告诉他,我便在心里想,明天除了卷还能做点什么,当时我似乎就已经明天预料到会发生什么了。他跟我要了两个随机数,我说的 4 和 62,他除 8 求余得到两个卦,合成一个屯卦,在上六的位置画了一个三角形。然后翻书,查到屯卦卦辞说道:“元亨,利贞,勿用有攸往。利建侯。”,上六爻辞说道:“乘马班如,泣血涟如。”他开玩笑说这是说让我不要卷。我感觉文本里说的不是什么好兆头,但他却说虽然爻辞看着不太好,但在上六,就意味着不好的东西已经到了极致了,接下来就会向好的发展。我问他,周易为什么能占卜,他说了一些玄的,但自己似乎也不很清楚,我似乎只听懂了一件事,周易记录着天的玄机。

然后我们就去吃晚饭了,说去清芬园,但我觉得那里的面条煮的太软了,会吃不饱。他说那就点一些别的比如生煎包。吃的时候,我想起了前几天似乎在哪里吃过一碗什么新派手擀面,是牛肉面,觉得口感和味道还可以,但想不起来在哪吃的了。我觉得我最近一直在学校里吃,一定是学校食堂卖的,却怎么也想不起来。我甚至怀疑是不是做梦,因为我不记得跟谁一起吃的了,但觉得不像,口感似乎很真实。不过好像就一周前国庆的时候还去了一天雄安,并没有一直在学校里,但那天应该也没有吃这碗面。饭吃完了,他说似乎是因为暗示他也觉得没吃饱,想买甜品吃,却买了一块大面包,又吃不下了。饭后回去,天就快黑了。

在宿舍楼下,上电梯,遇到一个人。他和我一直住同一层,一层也就 12 间房,一年了我似乎都没有留意过他(他去年还是院里另一个班的班长)。前几天和隔壁宿舍的梁勇卿打球,聊起他,也打球。从梁勇卿转发给我和他的聊天记录里看,他应该认得我,因为微信上称呼我是小熊。今天上电梯和他一起,我注意到他,并且认出他了。然后,短短五层楼的时间,我十分甚至百分地不自在。有一种搭话的冲动但不知道说什么,又觉得明明互相认识却不说话总向是在互相生气,我觉得气氛十分的可怕,不过我觉得他并不一定有什么感觉。到了之后我躲进房间里和梁勇卿说这件事,然后自然地想到了打球,就像打球,但没有球场,也没有人,哭诉了一会儿,只好作罢。然后我去楼道里接水,又遇到了他,又是奇怪的气氛中接水,之后跑回屋里又和梁勇卿说了这件事,然后想打球,没有球打,作罢。就和别人去图书馆了。结果在图书馆又遇到他了。

其实没什么事做,就是去看看论文什么的。但是看不进去,刚看进去一点,就到了和别人约去健身房的时间了,这是我刚开始努力养成的新习惯。之后健身没什么好说的,四十多分钟就回宿舍了,正好十点。上楼,回宿舍,去串门,隔壁发现只有一个人,梁勇卿不在,舍友说有人叫他去打球了。他平时还打排球,这个我不很馋,但看了一眼窗台,羽毛球拍没有了。不过无妨,在图书馆的时候我,梁勇卿,和我一起去图书馆的那个同学和今天反复遇到的那个同学约了明天早上七点的场去打球。我其实本来不想去打,太早了,起来打也很难尽兴。但是没有和那个表面上不认识的同学打过,听说水平相近,就很想切磋一番,就应下了。至于梁勇卿他现在去打什么球,也无关紧要了,既然没叫我,那也一定与我无关。过了一会儿,又去再隔壁的一间宿舍串门,看一个同学写数据结构大作业,写了一会儿,他外在看起来很暴躁,到有不是真的暴躁;我看的也有点暴躁,但却还有点意思想继续看下去。等他写完一道题,我回到了梁勇卿的房间,他回来了,他刚刚就是和我遇到很多次的那个同学去打球了,然后那个同学明天早上也不打了。我有点激动,可能身体哪里也不太对劲,情绪来的很猛,不能怪他,但是我确实很激动。虽然理性仍在,但却总隐隐感受到一种淡淡的背叛,但背叛的感觉从来不会淡淡。不过这完全不是他的问题,我今晚情绪确实不太正常,或许是某种生物周期吧,等明天如果好些,我一定会给他道歉。不过确实,我应该很长时间以来,只要去打球,球场上的人与他有关的话,我的确也都会问他。但是不要紧了,我不能道德绑架别人,尤其是以如此无理的方式。不过,我明天早上不想早起去打球了。而且,我明天似乎,一件可做的事情都没有了。

回到我的房间,坐着,刚刚那种似乎是背叛的情绪却很难离开。十二点过了,我不想睡觉。想到明天即将面对的是无事可做的一天,就更不敢睡觉去面对新的一天的起床。就坐在那里,翻着 b 站首页,也不怎么点进视频,就翻看着封面。

终于,舍友们要睡了,我也只好去洗漱。刷牙的时候从牙齿间感受到了一股淡淡的巧克力和咖啡的味道,回想起来,咖啡屋的上午,似乎至少已经过去了半个礼拜了吧。

10 月 14 日 子夜 宿舍挂着床帘的床上

天黑了,骑车在路上,木星很亮,就挂在那里,在我前进的方向上。

已经不是第一次了,当我一瞬间仿佛看到了我的追求和梦想。浪漫地,不能配上任何烟火气。于是,清谈,更多的是仿佛随意间从那一边流向我这里的超凡脱俗,或者说,那个自由而孤高的灵魂。