基于单变量时间序列定义并测量临界邻近度

Defining and measuring proximity to criticality based on univariate time series

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：J. Samuel Sooter

研究建立面向单变量时间序列的时间重整化群与信息论临界距离定义，可在未知控制参数时估计系统接近临界性的程度；脑电尖峰数据分析显示清醒时更近临界、深睡时更远。

推荐理由： 解决复杂系统临界性难以从有限观测判定的问题，兼具理论、数据方法和神经动力学应用，契合非平衡统计生物物理主线。

生物分子凝聚体中残基相互作用的协同性

Cooperative nature of residue interactions in biomolecular condensates

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Le Chen

原子级分子动力学显示，多种无序蛋白凝聚体中存在由 3–5 个残基基序形成、寿命远长于普通接触的协同高阶相互作用；其非加和自由能来自局部低介电环境，并可用高阶相互作用交联网络解释饱和浓度、黏弹性和界面张力。

推荐理由： 把分子尺度协同性与凝聚体宏观材料性质直接连接，是生物分子凝聚与软物质主线的重要进展。

通过临界自调谐实现成分校对

Compositional Proofreading through Critical Self-Tuning

Physical Review Letters · 第一作者：Omer Karin

理论工作提出竞争驱动的临界自调谐可在高维多组分系统中实现成分校对：最持久组分被钉扎在边缘稳定阈值附近，其余组分快速周转，并联系到生物记忆。

推荐理由： 把临界性、竞争和选择性保持统一到生物多组分动力学框架中，与非平衡统计生物物理主线高度契合。

真核生物最近亲缘是内部结构简单的互营肽营养古菌

Eukaryotes’ closest relatives are internally simple syntrophic peptidotrophic archaea

Nature · 第一作者：Hiroyuki Imachi

研究培养出最接近真核生物谱系的两株 Heimdall 古菌，发现其为严格厌氧、互营、肽营养且内部结构简单；结果支持真核起源过程中细胞结构和氧代谢发生陡峭转变。

推荐理由： 为真核起源提供直接培养证据，涉及细胞结构与代谢演化，对广义生物物理有交叉价值。

MCT1 依赖的线粒体乳酸输入维持心脏代谢

MCT1-dependent mitochondrial lactate import sustains cardiac metabolism

Nature · 第一作者：Ahmad A. Cluntun

研究发现 MCT1 位于心肌细胞线粒体内膜，并与基质 LDHB 共同把乳酸转为丙酮酸和 NADH，直接支持电子传递链；失去该通路会削弱代谢灵活性并加速应激后心衰。

推荐理由： 揭示细胞能量流中的并行底物输运与代谢适应，对非平衡代谢生物物理有具体交叉价值。

SWI/SNF 复合物通过 CTCF 与 cohesin 塑造三维染色质结构

SWI/SNF complexes shape 3D chromatin architecture through CTCF and cohesin

Nature · 第一作者：Sonia Debek

研究通过药理抑制和 ARID1A 缺失发现 cBAF 与 CTCF–cohesin 拮抗；cBAF 丧失会增强边界、重排三维基因组环，并由 PBAF 招募参与。

推荐理由： 揭示染色质重塑与三维组织的机制，具有高水平生物物理交叉意义，但不直接属于活性或软物质主线。

肿瘤组装体重现肾癌中肿瘤—CAF—T 细胞串扰

Tumour assembloids recapitulate tumour–CAF–T cell crosstalk in renal cancer

Nature · 第一作者：Eunjee Kim

肾癌肿瘤组装体重建肿瘤、成纤维细胞与 T 细胞互作，揭示肿瘤 WNT—CAF activin A—CD8 T 细胞干性轴影响抗 PD-1 反应。

推荐理由： 复杂微环境模型与细胞互作机制具有生物物理交叉价值，平台方法也较新颖。

统计推断识别重塑森林根系微生物组装规则的关键类群

Statistical inference of keystone taxa reshaping the assembly rules of forest root microbiomes

Nature Communications · 第一作者：Mikihito Noguchi

研究用 1270 个森林根样本构建微生物群落状态的概率组装景观，并以统计框架识别会重塑景观拓扑和菌根共生模式的关键真菌与细菌类群。

推荐理由： 把群落组装写成概率景观并识别关键扰动者，对生态统计物理和复杂系统研究有具体交叉价值。

SPNS2 驱动的鞘脂代谢与膜纳米域重塑调控白血病 MAPK 信号

Oncogenic modulation of MAPK signaling in leukemia via SPNS2-driven sphingolipid metabolism and membrane nanodomains remodeling

Nature Communications · 第一作者：Gaetano Sodaro

研究表明鞘脂转运蛋白 SPNS2 改变鞘磷脂丰度，进而重塑膜纳米域、活性 RAS 定位和 MAPK 信号；在白血病模型中恢复 SPNS2 可扰乱纳米域并限制进展。

推荐理由： 把膜脂组成、纳米域组织和致癌信号耦合起来，对膜软物质和细胞生物物理有明确价值。

MXene—聚吡咯人工离子通道中的仿生疏水门控用于高效高氯酸根检测

Biomimetic hydrophobic gating in MXene polypyrrole–based artificial Ion channels for efficient perchlorate sensing

Nature Communications · 第一作者：Jiaxin Xiao

仿生 MXene—聚吡咯人工离子通道利用疏水门控、脱水与限域输运降低高氯酸根通过能垒，实现更低检测限和更高选择性，并集成便携连续监测。

推荐理由： 将生物离子通道启发的限域输运与软界面传感结合，具有明确软物质和膜输运交叉价值。

赖氨酸巴豆酰化作为谷氨酸神经传递与空间记忆的表观遗传开关

Lysine crotonylation acts as an epigenetic switch for glutamate neurotransmission and spatial memory

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Utsav Mukherjee

研究发现组蛋白赖氨酸巴豆酰化在海马中随空间学习呈时空变化；遗传和代谢干预、多组学及荧光成像共同支持其调控谷氨酸释放、神经活动与长期记忆。

推荐理由： 跨越表观遗传、突触动力学和行为验证，具有较强神经生物物理交叉价值。

辅助 BKβ4 亚基促进 BK 与电压门控钙通道的纳米尺度耦合

Auxiliary BKβ4 subunits promote nanoscale coupling between BK and voltage-gated calcium channels

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Aravind Kshatri

邻近连接、电生理和超分辨成像表明，BKβ4 亚基促进 BK 与电压门控钙通道的纳米域聚集，并以通道亚型依赖方式增强功能耦合。

推荐理由： 直接解析膜通道的纳米尺度组织与功能耦合，对膜生物物理有明确价值。

用于稳健监测组织间液生物标志物的抗应变多路软微针贴片

A strain-insensitive multiplexed soft microneedle patch for robust interstitial fluid biomarker monitoring

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Zheng Qiao

研究提出抗应变软微针传感阵列，以纳米丘几何分散应变，实现葡萄糖、局部 pH 和温度的稳定同步在体监测。

推荐理由： 软材料、微结构力学和生物传感结合紧密，具有明确软物质工程价值。

尺度律连接全球硅藻群落中守恒的基因丰度分布与适应性表达

Scaling laws link conserved gene-abundance distributions to adaptive expression in diatom communities worldwide

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Emanuele Pigani

全球硅藻宏基因组与宏转录组分析发现，基因丰度分布相对守恒，而表达随环境按可预测尺度律变化；随机模型连接了丰度动力学与表达。

推荐理由： 将随机模型和尺度律用于微生物群落功能适应，符合生态统计物理的交叉兴趣。

用于肠道运动、转向与介入的仿生软体小肠镜机器人

Bioinspired soft enteroscopic robot for intestinal locomotion, steering, and intervention

Science Robotics · 第一作者：Binbin Ying

研究开发仿生软体小肠镜机器人，结合气动软执行器、kirigami 锚定套和工具通道，在猪实验中完成深部导航、活检、局部输液和实时成像。

推荐理由： 软体机器人与复杂生物腔道相互作用具有明确软物质和生物物理交叉价值，且展示了体内可行性。

展向延伸对壁面安装棱柱绕流尾流动力学的影响

Effect of spanwise extension on the wake dynamics of flow around a wall-mounted prism

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Yu-Lu Liu

直接数值模拟表明，壁面安装棱柱的展向长度和雷诺数共同控制马蹄涡、开尔文–亥姆霍兹失稳、拱形涡与发卡涡的转化；展向延伸增强尾流涨落并产生多频动力学。

推荐理由： 详细解析三维尾流失稳和涡结构演化，对流体动力学与非线性动力学读者有直接价值。

通过非局域弹性动力学耦合实现异常点投影相干完美吸收

Projected Coherent Perfect Absorption at Exceptional Points via Nonlocal Elastodynamic Coupling

Physical Review Letters · 第一作者：Jingyi Chen

研究以水下声学超表面和流固耦合构造异常点处的相干完美吸收，并实验展示宏观鲁棒性与微观拓扑高敏感性共存。

推荐理由： 非厄米波动物理和流固耦合方法新颖，但与软物质及生物物理仅属相邻方向。

凝血酶通过 N 端截短重塑 α- 突触核蛋白的生化性质

Thrombin reshapes α-synuclein biochemical properties by N-terminal truncation

Nature Communications · 第一作者：Philipp Trolese

研究发现凝血酶选择性切割 α- 突触核蛋白 N 端，生成更紧凑的构象集合，延缓易聚集物种形成并改变纤维形貌、膜诱导螺旋形成和生理功能。

推荐理由： 蛋白构象集合、聚集与膜相互作用的耦合对生物分子软物质有具体价值。

快速感知绿叶挥发物使完整植株早于受伤植株释放诱导挥发物

Rapid green leaf volatile sensing allows intact plants to release induced volatiles earlier than wounded emitters

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Tristan M. Cofer

实时实验发现，受伤玉米释放的绿叶挥发物可使邻近完整植株比受伤植株自身更早释放诱导挥发物；差异源于受伤植株气孔快速关闭。

推荐理由： 展示植物间信号传播的反直觉时间动力学，对受驱生物网络与群体互作有具体交叉价值。

转录起始向延伸转换过程中 TFIIH 与 Spt4/5 的动力学

Dynamics of TFIIH and Spt4/5 during the transition from transcription initiation to elongation

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：James R. Portman

单分子荧光实时观测显示，转录起始向延伸转换时 TFIIH 总是在 Spt4/5 到达前解离，中间存在两者均缺席的时间间隔。

推荐理由： 直接给出分子机器因子交换的时间顺序，对非平衡单分子生物物理有明确交叉价值。

piRNA 缺失释放间歇性转座爆发

piRNA loss unleashes episodic transposition bursts

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Peiwei Chen

研究在果蝇雄性生殖系中逐代追踪转座子，发现 piRNA 通路缺失后多类转座子出现偏离泊松过程的间歇性爆发。

推荐理由： 提供了生物系统随机突发动力学的直接证据，对随机过程与演化动力学研究有交叉价值。

Sherrington–Kirkpatrick 博弈中的复杂动力学

Complex dynamics in the Sherrington-Kirkpatrick game

Physical Review E · 第一作者：Desmond Chan

研究分析多玩家随机博弈中的适应学习稳定性，指出遗忘率和竞争性决定收敛、多稳态或持续波动。

推荐理由： 以自旋玻璃式随机相互作用研究复杂学习动力学，对非平衡统计物理有方法关联。

马达占据率决定心肌肌球蛋白集体的涌现机械状态

Motor Occupancy Defines Emergent Mechanical States in Cardiac Myosin Ensembles

bioRxiv · 第一作者：Alazzam, O. Y. · 通讯作者：Dana N. Reinemann

光镊重构实验显示，心肌肌球蛋白集体产力并非随马达数量单调增加，而取决于占据率与机械协调的平衡；最大力出现在中等有效占据率，药物响应也随初始占据状态变化。

推荐理由： 直接揭示耦合分子马达群体的涌现力学状态和反馈，是活性物质与非平衡生物物理主线的高相关工作。

预印本，尚未经同行评议。

重组表面活性蛋白 B 在混合去污剂体系和脂质单层中的组装与界面力学

Assembly and Interfacial Mechanics of Recombinant Surfactant Protein B in Mixed Detergent Systems and Lipid Monolayers

bioRxiv · 第一作者：Asrat, T. G. · 通讯作者：Tadiwos Getachew Asrat

研究表征重组肺表面活性蛋白 B 在混合胶束和脂质单层中的组装；蛋白与大尺度聚集体结合，并使脂质膜压缩循环中的滞后响应更稳定、面积损失减小，支持可逆重组塌缩界面材料的模型。

推荐理由： 把蛋白组装、脂质界面和循环力学联系起来，与膜软物质主线高度契合，且给出明确实验力学证据。

预印本，尚未经同行评议。

脉冲电场下可兴奋细胞的动力学区间：从兴奋到电穿孔

Dynamical regimes of excitable cells under pulsed electric fields: From excitation to electroporation

bioRxiv · 第一作者：FARIDI, M. R. A. · 通讯作者：Rochish M. Thaokar

计算研究将 Hodgkin–Huxley 模型与电穿孔方程耦合，绘制脉冲电场下神经元从兴奋、重复放电到去极化阻滞和电穿孔的动力学区间，并给出安全间隔。

推荐理由： 把多时间尺度膜动力学与不可逆孔化联系起来，直接涉及受驱生物膜的非平衡响应，贡献明确。

预印本，尚未经同行评议。

直接成像阐明二维纳米通道中的离子记忆

Direct imaging elucidates ionic memory in two-dimensional nanochannels

Nature Materials · 第一作者：Kalluvadi Veetil Saurav

作者结合原位干涉成像与电动测量，直接观察电压诱导的二维纳米通道壁鼓包，区分表面电荷驱动的单向鼓包和浓差极化渗透压驱动的双向鼓包，并据此解释忆阻滞回。

推荐理由： 以直接实验揭示纳米流体忆阻器的机电—渗透耦合起源，是重要软物质与非平衡输运进展。

基于可定义可调工程细胞外基质的神经化、血管化头颈癌芯片模型

An innervated and vascularized HNSCC-on-a-chip model built on defined and tunable engineered extracellular matrices

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Alessia Maria Pignataro

作者在可调工程基质中逐步集成肿瘤细胞、成纤维细胞、内皮细胞、血管界面与神经成分，观察基质依赖的自组织、定向集体迁移、侵袭和药物反应。

推荐理由： 将基质力学、多细胞组织与肿瘤芯片结合，直接服务细胞力学和组织生物物理。

受神经调节启发的门控联想记忆网络：扩展记忆检索与多稳态涌现

Neuromodulation-inspired gated associative memory networks: Extended memory retrieval and emergent multistability

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Daiki Goto

作者引入活动依赖自适应门控，用多体模拟和动力学平均场理论显示其重构吸引子景观、绕过经典自旋玻璃转变并在更高负载下维持检索。

推荐理由： 把神经调节、吸引子网络和统计物理相变结合，理论新意与生物物理相关性高。

Annexin 与 Myomaker 协同促进成肌细胞融合

Annexins cooperate with Myomaker to promote myoblast fusion

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Zhisheng Xu

邻近标记与同步融合体系识别 Annexin 为 Myomaker 协作者，研究其在膜接近、重塑和细胞融合中的作用。

推荐理由： 直接涉及细胞膜融合与蛋白协同，是重要的膜与细胞生物物理问题。

靶向癌症治疗中药物诱导持留的连续谱模型

Modeling a continuum of drug-induced persistence during targeted cancer therapy

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Ji Tae Park

作者提出描述表型可塑性产生药物持留细胞的现象学框架，并预测可最小化持留风险的最优药物浓度与停药周期。

推荐理由： 用动力学模型连接单细胞异质性、状态转变和治疗调度，具有明确非平衡生物物理价值。

守恒相分离中边界驱动的各向异性粗化

Boundary-driven anisotropic coarsening in conserved phase separation

Physical Review E · 第一作者：Emilio N. M. Cirillo

研究在三元混合物中显示，仅由表面蒸发造成的质量损失和宏观浓度梯度即可打破各向同性动态标度，使平行与垂直边界方向出现不同有效增长律。

推荐理由： 边界驱动、守恒动力学与各向异性粗化直接切中非平衡软物质核心问题。

用电荷不平衡纳米颗粒调控类铁死亡的癌细胞选择性死亡

Tuning ferroptosis-like, cancer-selective cell death with charge-imbalanced nanoparticles

Nature Communications · 第一作者：Diana V. Kolygina

研究显示混合电荷单层中少数负配体化学性质改变纳米颗粒胞内定位及铁依赖脂质过氧化死亡模式。

推荐理由： 表面电荷、纳米颗粒细胞内输运和膜脂氧化具有生物软物质交叉价值。

冷冻电镜捕获 HSV-2 gH/gL 的不同构象态并揭示融合激活原则

Distinct conformational states of HSV-2 gH/gL captured by cryoEM reveal structural principles governing fusion activation

Nature Communications · 第一作者：Gonzalo L. González-Del Pino

多种抗体复合物结构显示 gH/gL 的激活前和中间构象，并提示抗体可移动构象平衡。

推荐理由： 对病毒膜融合的构象能景和门控机制有生物物理价值。

SARS-CoV-2 入侵抑制剂三聚化锁定刺突蛋白闭合构象

A SARS-CoV-2 entry inhibitor trimerizes to lock the spike protein in a closed conformation

Nature Communications · 第一作者：Huihui Mou

冷冻电镜显示 S22 在刺突顶端腔内三聚，稳定三个 RBD 向下并阻止 ACE2 结合。

推荐理由： 明确展示小分子 / 抑制剂通过多价装配锁定蛋白构象。

抗生素污染刺激稻田微生物甲基汞合成

Antibiotic contamination stimulates microbial methylmercury synthesis in rice paddies

Nature Communications · 第一作者：Hailong Li

多地土壤实验显示氟喹诺酮改变微生物代谢并提高甲基汞生成。

推荐理由： 涉及微生物群落驱动的非平衡生物地球化学转化，具相邻价值。

Septin 结合限制志贺菌生长并触发细胞内耐受

Septin binding restricts <i>Shigella</i> growth and triggers intracellular tolerance

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Gizem Özbaykal Güler

显微成像和无细胞重构显示 septin 形成环向丝束限制细菌生长，同时诱导分泌系统与应激反应并使细菌膜超极化。

推荐理由： 细胞骨架施加机械约束并改变细菌生理，具有明确生物物理交叉价值。

脑室内克林霉素增强创伤性脑损伤后的脑间质液引流与血脑屏障

Intraventricular clindamycin enhances interstitial brain fluid drainage and the blood–brain barrier after a traumatic brain injury

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Landon S. Ashby

小鼠实验显示脑室内克林霉素提高室管膜纤毛运动，并与皮层间质液引流增强相关，同时改善血脑屏障和损伤指标。

推荐理由： 把纤毛动力学与脑液体输运联系起来，具有相邻生物流体价值。

人类二型糖尿病中胰岛 δ 细胞对自分泌与旁分泌抑制具有抗性

Pancreatic δ cells are resistant to auto- and paracrine inhibition in human type-2 diabetes

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Muhmmad Omar-Hmeadi

单细胞成像、电生理和分泌测量比较糖尿病与非糖尿病供体 δ 细胞，报告多种调节因子对生长抑素胞吐和电活动的影响。

推荐理由： 提供胰岛细胞分泌与电活动的定量机制，属相邻生物物理。

VAP 通过 Kv2 膜接触位点组织突触前 Ca2+ 信号与囊泡动员

VAP organizes presynaptic Ca ²⁺ signaling and synaptic vesicle mobilization through Kv2 membrane contact sites

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Cameron D. Paton

研究显示 VAPA/B 与 Kv2 通道形成的内质网—质膜接触位点组织突触活动时的钙交换，并影响线粒体、内质网载钙和突触囊泡动员。

推荐理由： 膜接触结构与离子动力学、囊泡输运耦合，具有神经生物物理价值。

电压门控孔蛋白 PPE1 调节结核分枝杆菌分泌与耐药

A voltage-gated porin PPE1 regulates secretion and drug resistance in <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Mohit Yadav

作者鉴定 PPE1 为外膜电压门控孔蛋白，连接铁载体分泌、异烟肼摄取及临床耐药突变。

推荐理由： 膜通道门控与药物输运机制清晰，对细菌膜生物物理有交叉价值。

miR-219 及其靶标 RalGPS 的调控对果蝇神经肌肉接头突触可塑性至关重要

Regulation of miR-219 and its target RalGPS is essential for synaptic plasticity at the <i>Drosophila</i> neuromuscular junction

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Kumar Aavula

研究发现刺激改变 miR-219 在 Argonaute 复合物中的装载，使 RalGPS 维持在允许结构重塑的窄表达范围。

推荐理由： 揭示活动依赖基因调控如何控制突触形态动力学，具有相邻生物物理价值。

增强钙通透性的 GluRIIC 突变抑制 GluRIIA 缺失触发的持续突触前稳态可塑性

Calcium permeability–enhancing mutations in GluRIIC suppress sustained presynaptic homeostatic plasticity triggered by loss of GluRIIA

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Olfat A. Malak

果蝇神经肌肉接头实验测试突触钙流与量子大小在稳态可塑性触发中的作用。

推荐理由： 围绕离子通量和突触反馈稳态，具神经生物物理交叉价值。

集体方向记忆控制上皮细胞迁移范围

Collective directional memory controls the range of epithelial cell migration

bioRxiv · 第一作者：Canever, H. · 通讯作者：Nicolas Borghi

作者发现孤立细胞表现为持续随机游走，而进入上皮组织后因细胞相互作用形成更强的集体方向记忆和超扩散，使迁移距离超过外部引导作用。

推荐理由： 直接揭示细胞集体相互作用如何改变随机运动与空间探索，是主线高度相关的活性生物物理研究。

预印本，尚未经同行评议。

活性与被动粒子混合系统中的相分离

Phase Separation in a Mixture System of Active and Passive Particles

arXiv · 第一作者：Reo Arakaki

分子动力学显示足够高自推进速度下，混合物分成有序被动相和含两类粒子的无序相；相分离源于主动排挤与热运动协同，任一组分单独存在时均不出现。

推荐理由： 直接研究活性—被动混合物的活动诱导相分离和有效排除体积机制。

预印本，尚未经同行评议。

激活力对过冷活性水流化转变的影响

Activation force dependence of the fluidization transition in supercooled active water

arXiv · 第一作者：Quoc Tuan Truong

作者研究少量主动分子如何通过越过笼困势垒、松动局部结构并促进邻近分子运动而触发过冷水流化，分析激活力对协同促进的作用。

推荐理由： 把稀疏主动驱动、玻璃笼困与协同流化直接结合，主线相关性高。

预印本，尚未经同行评议。

手性活性表面的奇滑移

Odd slip at chiral active surfaces

arXiv · 第一作者：Yuto Hosaka

作者提出剪切应力垂直方向的界面速度响应，来源于持续耗能的手性表面，如柔性锚定旋转纤毛毯，并估算维持该无耗散横向输运所需能量。

推荐理由： 定义新的边界奇输运系数，把手性活性驱动与界面流动直接连接。

预印本，尚未经同行评议。

活性非互易系统中的混合对称性

Mixed symmetries in active non-reciprocal systems

arXiv · 第一作者：Yuv Agarwal

作者在非互易 XY 模型中引入两种可独立调节的对称性，展示混合对称成分导致的多样动力学行为。

推荐理由： 直接拓展非互易活性物质的对称性分类，适用于多类生物组织。

预印本，尚未经同行评议。

负迁移率粒子的稳定性反转、激活逃逸与力学响应

Stability reversal, activated escape, and mechanical response of negative-mobility particles

arXiv · 第一作者：Junteng Li

作者研究弱力下迁移率为负的噪声粒子，发现势阱极小值会失稳并形成双峰定位，同时重塑 Kramers 逃逸与线性响应。

推荐理由： 直接揭示反常迁移率造成的非平衡稳定性反转，是高度相关的随机动力学问题。

预印本，尚未经同行评议。

强耦合线性 Langevin 系统中残余动力学决定耗散

Residual dynamics determine dissipation in strongly coupled linear Langevin systems

arXiv · 第一作者：Vansh Kharbanda

作者证明强耦合会抑制直接耦合自由度的不可逆概率环流；二维同构系统中熵产生率单调下降，而高维仍可能保留残余耗散通道。

推荐理由： 给出集体耦合如何改变非平衡耗散的普适解析结果，可用于物理和生物网络。

预印本，尚未经同行评议。

对流活性物质的量子临界标度

Quantum critical scaling in convective active matter

arXiv · 第一作者：Jamir Marino

作者构建含 Landau–Ginzburg 序、量子噪声与自平流的场论，一圈重整化群得到耗散固定点和量子对流鞍点及其临界指数。

推荐理由： 拓展活性物质临界理论到量子和非高斯噪声区间，具有明确理论新意。

预印本，尚未经同行评议。

XIST E 重复序列的多价支架作用调节 RNA 结合蛋白协同性并降低相分离阈值

Multivalent Scaffolding by XIST E-Repeats Tunes RNA Binding Protein Cooperativity and Lowers the Phase Separation Threshold

bioRxiv · 第一作者：Eusse, B. · 通讯作者：Alisha Jones

作者在体外定量 XIST E-repeat 与蛋白伙伴的多价相互作用，显示 RNA 支架增强结合协同性并降低凝聚阈值，从而支持染色体范围的受控扩散。

推荐理由： 多价性、凝聚和染色质组织直接相连，是高度相关的生物软物质研究。

预印本，尚未经同行评议。

短跑型与长途型：类肌球蛋白 V 马达的设计空间

Drag racers and long haulers: the design space of myosin-V-like motor proteins

bioRxiv · 第一作者：Holmes, J. · 通讯作者：Michael Hinczewski

作者推广力依赖聚合物模型，解释结构近似的肌球蛋白马达如何在速度与行程长度间形成广阔权衡，并统一高速与高持续性工作模式。

推荐理由： 以物理模型连接马达结构、随机动力学与输运性能，和活性生物物质主线高度相关。

预印本，尚未经同行评议。

纤毛驱动涡旋将共生细菌输送到短尾乌贼黏液纤毛嗅觉器官

Cilia-driven fluid vortices deliver symbiotic bacteria onto the mucociliary olfactory organ of the bobtail squid

bioRxiv · 第一作者：Porcella, G. · 通讯作者：Janna C Nawroth

作者描述乌贼入口处纤毛产生的流体涡旋如何在极低环境丰度下捕获并输送发光共生菌，为早期宿主检测提供物理路径。

推荐理由： 把纤毛主动流、稀有微生物输运与宿主共生建立直接联系，生物流体价值高。

预印本，尚未经同行评议。

内吞辅助蛋白的多价性协调膜形状转变

Multivalency in endocytic accessory proteins orchestrates membrane shape transitions

bioRxiv · 第一作者：Baumgart, T. · 通讯作者：Tobias Baumgart

纯化蛋白实验研究 SH3/PRM 多价相分离如何调控 endophilin 的膜曲率生成，连接凝聚与膜重塑。

推荐理由： 把蛋白凝聚、多价网络和曲率驱动膜形变统一起来，主线相关性高。

预印本，尚未经同行评议。

具身时序使机器人拔河转化为协同运输

Embodied timing turns a robotic tug-of-war into cooperative transport

bioRxiv · 第一作者：Chatterjee, A. · 通讯作者：Atanu Chatterjee

机器人实验、理论和模拟显示，在两组弹簧耦合驱动者力量匹配时，仅相对施力时序即可破坏对称并决定负载运动方向，约四分之一周期滞后最强。

推荐理由： 以可控实体系统揭示主动代理时序、弹性储能与集体输运机制，具有普适活性物质意义。

预印本，尚未经同行评议。

通过单分子捕获实现连续质量光度法

Continuous mass photometry by single-molecule trapping

Nature Methods · 第一作者：Dan Loewenthal

连续质量光度法将单个生物分子系留在支持脂质双层上，可持续数小时观察其复合与相互作用，并达到亚千道尔顿质量精度和毫秒时间分辨率。

推荐理由： 兼具单分子、膜界面与动力学测量突破，方法价值和生物物理相关性都很高。

化学反应网络的热力学空间

Thermodynamic Space of Chemical Reaction Networks

Physical Review X · 第一作者：Shiling Liang

作者定义并解析推导给定能量预算下化学反应网络可达稳态浓度的热力学空间，同时建立反应亲和力界限，以约束外部通量驱动网络的操作范围。

推荐理由： 直接研究生命化学网络的非平衡热力学约束，兼具普适理论与生物物理意义。

持续供给细胞的开放迁移系统中手性多臂螺旋的涌现

Emergence of chiral multi-armed spirals in an open system of migrating cells under continuous cell supply

Nature Communications · 第一作者：Masayuki Hayakawa

趋化缺陷的黏菌细胞形成厘米尺度顺时针多臂螺旋；实验显示短程极性对齐与微弱单细胞手性被持续细胞通量放大。开放手性 Vicsek 模型进一步指出内禀手性、极性对齐和持续供给是关键因素。

推荐理由： 这是开放活性物质中微观手性经集体序放大为宏观图样的直接实验—理论研究，和主线高度契合。

用于神经免疫调节癌症治疗的动态自适应软生物电子器件

Dynamically adaptive soft bioelectronics for neuro-immunomodulatory cancer therapy

Nature Communications · 第一作者：Wenliang Liu

作者构建可注射抗疲劳导电水凝胶、液态金属电极和无电池无线供能组成的迷走神经刺激器。在胰腺肿瘤小鼠模型中，慢性刺激抑制肿瘤生长转移并改变免疫微环境，增强抗 PD-1 疗效。

推荐理由： 将动态匹配软界面、无线器件与神经免疫调控结合，具明显软生物电子学新意。

体外结合能刻画 Klf4 在人类全基因组中的占据

In vitro binding energies capture Klf4 occupancy across the human genome

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Anne Schwager

研究先测量 Klf4 对大量 DNA 序列的物理结合能，再用含相邻界面耦合的 Ising 模型刻画非线性序列依赖；模型无需额外拟合即可预测单分子和全基因组占据。

推荐理由： 将定量结合实验、单分子测量与统计力学模型统一，直接揭示转录因子序列识别，相关性与新意都高。

介电表面间受限电解质排液中的流体动力

Hydrodynamic forces in the drainage of an electrolyte confined between dielectric surfaces

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Caroline Cramail

作者建立局域 Onsager 理论，描述带电曲面间电解质薄膜排液时流量、电荷与溶质通量的耦合，覆盖不同双电层重叠程度，并预测扩散动理学导致的保守刚度分量。

推荐理由： 直接连接受限软物质、电动流体与非平衡输运，理论相图和新刚度效应具有较高新意。

两个球形液滴早期聚并理论

Theory of the coalescence of two spherical liquid drops at early times

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Rodolfo Brandão

作者用匹配渐近法求解表面张力驱动的牛顿液滴早期聚并，给出桥颈增长、间隙形状及惯性向纯黏性相似解的跨越，并与数值模拟和实验吻合。

推荐理由： 液滴聚并是软物质界面动力学核心问题，该理论统一早期标度与跨越行为。

黏弹性剪切流中球形与扁球形颗粒的动力学

Dynamics of spherical and oblate particles in a viscoelastic shear flow

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Zhenyu Ouyang

数值研究显示，流体弹性会改变球形颗粒平衡位置、减慢扁球转动，并在惯性与弹性竞争下产生多种迁移—转动模式及可释放的锁定态。

推荐理由： 颗粒—黏弹性流耦合与软物质流变直接相关。

湍流边界层中内孤立波下方的旁路转捩

Bypass transition beneath internal solitary waves in turbulent boundary layers

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Andrés Posada-Bedoya

三维高分辨率模拟显示，背景湍流会绕过层流条件下的模态不稳定路径，激发近壁条带并经二次不稳定形成湍流爆发，使转捩位置向波谷移动。

推荐理由： 揭示自然环境中不同于层流模型的非平衡转捩机制。

超流氦纳米液滴中 Thomson 电荷构型的实空间成像

Real-Space Imaging of Thomson Charge Configurations in Superfluid Helium Nanodroplets

Physical Review Letters · 第一作者：Thomas Pohl

作者以金纳米颗粒标记超流氦液滴表面电荷，并通过电子显微镜印迹直接观察有限粒子数能量极小构型及曲率受挫的库仑结晶。

推荐理由： 球面受限、曲率挫折和自组装与软物质几何问题有明确交叉。

胎内活动模式与出生后睡眠行为的关联

Association of fetal activity patterns in utero with postnatal sleep behavior

Nature Communications · 第一作者：Andjela Markovic

连续可穿戴监测显示胎儿已出现与母体活动及昼夜节律对齐的日周期；胎儿昼夜睡眠比是出生后睡眠偏好的主要预测量，母体睡眠规律性亦相关。

推荐理由： 以长时间动力学数据研究早期节律形成，对生物物理有交叉价值，但样本量较小。

人类视觉皮层中时间特征绑定的神经极限

Neural limits of temporal feature binding in human visual cortex

Nature Communications · 第一作者：N Schönemann

高时间分辨率脑磁源定位表明，跨空间颜色—方向绑定依赖 V1/V2 约 120 毫秒的快速循环调制；当交替过快无法容纳该过程时表现降至随机水平。

推荐理由： 给出知觉绑定时间极限的具体神经动力学机制。

海洋冷泉高厌氧甲烷氧化速率的同位素键合记录

Global high rates of anaerobic methane oxidation at marine cold seeps recorded by isotope bonding in seep carbonates

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Scott T. Wieman

作者用冷泉碳酸盐中碳氧同位素键合建立厌氧甲烷氧化速率代理指标，并以模型及独立测量验证，估算全球现代冷泉甲烷消耗。

推荐理由： 涉及微生物代谢驱动的地球化学非平衡通量，对生物物理属相邻价值。

纳米量子传感器的固态激光制冷

Solid-state laser refrigeration of nanoscale quantum sensors

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Zhaojie Feng

实验将纳米金刚石和金纳米晶置于激光制冷陶瓷基底上，分别降低稳态工作温度约 25 K 和光热升温约 8.8 K。

推荐理由： 纳米传感与光热控制方法可支持生物物理测量，但主题偏量子与纳米光学。

自发复制叉坍塌调控野生型酵母端粒长度稳态

Spontaneous replication fork collapse regulates telomere length homeostasis in wild-type yeast

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Margherita Paschini

实验表明端粒处自发复制叉坍塌产生的底物比完整染色体末端更频繁地被端粒酶延长，并由 CST 与 RPA 复合物共同限制。

推荐理由： 揭示复制动力学与端粒稳态的新机制，具有分子生物物理价值。

可空间部署的铁氧化还原变阻器调节营养胁迫下的根生长

A spatially deployable iron redox rheostat tunes root growth under nutritional stress

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Joaquín Clúa

遗传扰动显示 CYBDOM 铁还原酶与 LPR 铁氧化酶构成拮抗模块，使根生长抑制随质外体铁积累定量变化，并伴随活性氧变化。

推荐理由： 呈现环境信号、氧化还原稳态与生长响应的连续控制，具有相邻生物物理价值。

可逆反应中位置特异同位素特征的演化

Position-specific isotope signatures evolve during a reversible reaction

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Cornelia Rasmussen

作者以葡萄糖变旋为模型，用 NMR 同时追踪异构体比例及各位点碳同位素比，直接观察非平衡反应中动力学与平衡同位素效应的演化。

推荐理由： 为化学反应非平衡动力学提供时间分辨实验，具相邻价值。

资源驱动的滞后期释放触发最快、最大规模海岸植物入侵

Resource-driven release from lag phase triggers the world’s fastest and largest coastal plant invasion

Proceedings of the National Academy of Sciences · 第一作者：Zhenpeng Ge

研究结合野外实验、人口动力学理论和历史记录，指出沉积物累积通过削弱资源调控的 Allee 效应，提高克隆与有性繁殖并结束互花米草入侵滞后期。

推荐理由： 以定量种群动力学解释生态转变，具有统计生物物理的相邻价值。

有向扩展范围渗流

Directed extended-range percolation

Physical Review E · 第一作者：Wenbo Liu

作者提出有向扩展范围渗流，用消息传递方法说明当可信节点可经有限长度有向路径连接时，方向性反而可简化阈值和临界行为的求解。

推荐理由： 网络渗流理论具有统计物理价值，但应用和生物物理主线较间接。

温度依赖黏度和各向异性热扩散下倾斜多孔介质中 Darcy–Forchheimer 对流的起始

The onset of Darcy–Forchheimer convection in an inclined porous medium with the temperature dependence of viscosity and anisotropic thermal diffusivity

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Pallawi Bharti

作者通过线性与非线性稳定性分析及数值特征值计算，研究内热源、倾角、黏度温度依赖和热扩散各向异性如何改变临界瑞利数与流动模态。

推荐理由： 属于多孔介质非平衡对流稳定性研究，对流体方向有具体价值。

时间发展湍流边界层中小尺度剪切层的标度

Scalings of small-scale shear layers in temporally developing turbulent boundary layers

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Yonggi Park

直接数值模拟揭示剪切层嵌入双轴应变，并给出对数层、外层与缓冲层中速度跃变和厚度的不同 Kolmogorov 或黏性标度。

推荐理由： 为湍流小尺度结构及控制提供定量标度，属重要相邻流体研究。

明渠流中的二次流与超大尺度运动：展弦比效应

Secondary currents and very-large-scale motions in open-channel flows: effect of flow aspect ratio

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Yifan Zhu

大涡模拟区分侧壁二次流不稳定、普通大尺度运动与超大尺度运动主导的空间区域，并展示这些区域随宽深比变化及相互隔离的机制。

推荐理由： 系统刻画受限湍流的多尺度组织，对流体动力学读者有价值。

渐变过滤器中的耦合输运与吸附：非散度自由效应的多尺度分析

Coupled transport and adsorption in graded filters: A multi-scale analysis of non-solenoidal effects

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Václav Klika

作者对缓慢变化孔隙率的近周期过滤介质进行多尺度均匀化，引入浓度—流速耦合的修正不可压条件，并分析孔隙梯度、堵塞和边界条件对过滤效率的影响。

推荐理由： 多孔软介质中的耦合输运与吸附具有明确交叉价值。

主动运动与润湿协同调节液—液相分离

Active motility and wetting cooperatively regulate liquid-liquid phase separation

arXiv · 第一作者：Dixi Yang

细菌—水相两相体系实验和流体模拟显示，界面润湿把细菌运动耦合到相分离动力学：高葡聚糖比例下旋转流抑制液桥和粗化，较低比例下润湿桥促进链状及分支聚集。

推荐理由： 把活性流、润湿与相分离形貌选择统一起来，是主线高度相关且机制清晰的研究。

预印本，尚未经同行评议。

界面细菌驱动自由悬浮活性液滴旋转

Interfacial bacteria-driven rotation of free-floating active droplets

arXiv · 第一作者：Dixi Yang

实验与流体粒子模拟显示，铜绿假单胞菌富集在两水相界面并沿切向运动；界面定位将力偶分配到两相，使单相获得有限主动转矩而整体保持转矩平衡，从而驱动无边界液滴自主旋转。

推荐理由： 给出细菌推进经液—液界面转化为宏观转动的清晰机制，是活性液滴的重要进展。

预印本，尚未经同行评议。

马达散粒噪声解释单根纤毛中的主动涨落

Motor shot noise explains active fluctuations in a single cilium

arXiv · 第一作者：Maximilian Kotz

理论表明有限数量分子马达的结合数涨落足以解释纤毛搏动精度和纤毛内部同步相位缺陷，将微观马达噪声与介观非平衡振荡直接联系。

推荐理由： 聚焦主动生物马达的随机涨落与集体动力学，和研究主线高度一致。

预印本，尚未经同行评议。

嵌入染料对 SMC 蛋白 DNA 环挤出的影响

Intercalator effects on DNA loop extrusion by SMC proteins

bioRxiv · 第一作者：Analikwu, B. T. · 通讯作者：Cees Dekker

单分子实验系统比较四种嵌入染料，显示其可使 DNA 变硬、部分中和电荷并降低 SMC 结合与 ATPase 活性；环挤出定性机制保留，但定量动力学受影响。

推荐理由： 直接量化常用成像探针如何改变 DNA 力学和主动分子马达过程，对单分子活性生物物理很重要。

预印本，尚未经同行评议。

均匀屈服与剪切带屈服中屈服应力流体的多尺度动力学

Multiscale dynamics in yield stress fluids during homogeneous and shear-banded yielding

arXiv · 第一作者：P. Edera

作者结合振荡流变与梯度分辨粒子追踪，比较均匀屈服微凝胶和形成稳态剪切带的致密乳液，并将长程弹道流与局域 Fick 扩散分离，发现两者作用于相同示踪粒子。

推荐理由： 直接检验屈服、剪切带与微观涨落机制，是高度相关的非平衡软玻璃研究。

预印本，尚未经同行评议。

非老化液态泡沫中基本塑性事件驱动的应力松弛

Stress Relaxation Driven by Elementary Plastic Events in Non-Ageing Liquid Foams

arXiv · 第一作者：F. Schott

快速 X 射线断层流变测量显示，停止流动后剪切应力、塑性活动和配位数呈稳健线性关系；松弛由单个塑性事件持续时间控制并近似指数衰减，而非长程级联。

推荐理由： 提供无热非晶软物质应力松弛的直接微观证据，相关性和新意均高。

预印本，尚未经同行评议。

各向异性带电球之间电荷调节静电相互作用的闭式理论

A closed-form theory of charge-regulated electrostatic interactions between anisotropically charged spheres

arXiv · 第一作者：Anže Božič

作者在线性 Poisson–Boltzmann 框架下统一处理球形胶体表面电荷斑块与 pH 响应，推导平均场和涨落相互作用，并预测中性各向异性粒子靠近时可诱导净单极电荷和取向分支分裂。

推荐理由： 直接适用于蛋白质与斑块胶体的电荷调节和取向相互作用，是重要软物质理论。

预印本，尚未经同行评议。

吸收相变附近同步控制的输运：受驱颗粒单层的有效 Enskog 动力学

Synchronization-controlled transport near an absorbing transition: Effective Enskog kinetic theory of a driven granular monolayer

arXiv · 第一作者：David González Méndez

作者将振动边界同步效应纳入状态依赖碰撞规则，建立受驱颗粒单层活性相的 Enskog 理论，并由 Chapman–Enskog 展开得到输运系数。

推荐理由： 直接研究耗散颗粒体系中同步、吸收转变和宏观输运的联系，主线相关性高。

预印本，尚未经同行评议。

刚性颗粒诱导弹性体复合材料异常软化

Rigid Particle-Induced Anomalous Softening in Elastomer Composites

arXiv · 第一作者：Yonghyun Cho

作者发现刚性颗粒在富溶胶弹性体中可主动引导凝胶化，使承载网络拓扑重构并随颗粒增加反而软化；结构模型捕捉了该行为在不同颗粒体系中的起始。

推荐理由： 以凝胶网络拓扑解释反常力学响应，是软材料设计中的新颖机制。

预印本，尚未经同行评议。

含可溶表面活性剂的弱黏弹性降膜中的热—溶质 Marangoni 不稳定性

Thermosolutal Marangoni instabilities in a weakly viscoelastic falling film with soluble surfactant

arXiv · 第一作者：Sanghasri Mukhopadhyay

作者结合 Orr–Sommerfeld 分析、长波极限和五场加权残差模型，研究弹性记忆及热、溶质 Marangoni 应力对失稳阈值和非线性波的影响。

推荐理由： 黏弹性、表面活性剂与界面失稳耦合，和软物质流动主线高度相关。

预印本，尚未经同行评议。

秀丽线虫神经系统中的多聚谷氨酰胺聚集由随机成核驱动

Polyglutamine aggregation in the C. elegans nervous system is driven by stochastic nucleation events

bioRxiv · 第一作者：van Schijndel, V. · 通讯作者：Tessa Sinnige

荧光显微和数学模型表明，多聚谷氨酰胺在单个神经元内通过随机初级成核发生；伴侣蛋白 DNAJB6 强烈抑制聚集，支持成核限制机制。

推荐理由： 把体内蛋白聚集与随机成核动力学定量联系，是高度相关的生物统计物理研究。

预印本，尚未经同行评议。

IQGAP1 作为细胞连接关键黏附模块潜在破坏者的作用

Understanding the role of IQ motif-containing GTPase-activating protein 1 as a potential disruptor of the essential adhesion module at cell-cell junctions

bioRxiv · 第一作者：Biswas, N. · 通讯作者：Amit Das

研究结合牵引分子动力学等方法，探究 IQGAP1 与 α- 连环蛋白竞争结合 β- 连环蛋白并破坏钙黏蛋白—皮质肌动蛋白机械连接的分子机制。

推荐理由： 直接涉及细胞连接的受力调控与分子黏附竞争，和细胞力学生物物理高度相关。

预印本，尚未经同行评议。

磷脂翻转能垒的结构决定因素

Structural Determinants of the Energetic Barrier of Phospholipid Flip-Flop

bioRxiv · 第一作者：Vuorte, M. I. · 通讯作者：Maisa Ilona Vuorte

作者用 Martini 3 计算七百余种膜—脂质组合的翻转自由能垒，系统区分头基、连接键、脂肪链及膜环境对自发翻转的贡献。

推荐理由： 大规模自由能图谱直接回答膜不对称动力学的核心软物质问题，方法与数据价值高。

预印本，尚未经同行评议。

随机薄膜方程的微观推导及其双层与蒸发扩展

Microscopic Derivation of Stochastic Thin-Film Equation and Extensions to Two-Layer and Evaporating Films

arXiv · 第一作者：Toby Kay

作者从 N 粒子哈密顿动力学经涨落动力密度泛函理论自下而上推导随机薄膜方程，并自然扩展到多层界面及蒸发等非守恒机制。

推荐理由： 把微观热涨落与介观界面动力学严格连接，是非平衡软界面理论的重要工作。

预印本，尚未经同行评议。

单轴向列与各向同性液晶高次谐波光谱的理论描述

Theoretical description of high-harmonic spectroscopy for uniaxial nematic and isotropic liquid crystals

arXiv · 第一作者：Simon Vendelbo Bylling Jensen

作者以半经验紧束缚模型描述不同液晶相中的高次谐波响应，指出分子间电子杂化可用于读取向列指向矢和序参量。

推荐理由： 为液晶序和超快电子动力学提供新型光谱探针，软物质相关性高。

预印本，尚未经同行评议。

时空蛋白质组学揭示塑造信号波的动态反向梯度

Spatiotemporal proteomics reveals dynamic antiparallel gradients shaping signalling waves

Nature Communications · 第一作者：Wilke H. M. Meijer

研究用微流控同步小鼠胚胎尾部并结合定量蛋白质组与转录组，解析体节形成时的时空动力学。作者发现 R-Spondin/LGR 的动态反向分布可放大前体节中 Wnt 振荡；类胃胚验证及扰动显示其动态受损会降低振荡幅度并妨碍体节形成。

推荐理由： 直接连接信号振荡、动态梯度与形态发生，并有扰动验证，是非平衡发育生物物理的重要研究。

主动运动预测性地恢复头固定小鼠的头向吸引子动力学

Active locomotion predictively rescues head direction attractor dynamics in head-fixed mice

Nature Communications · 第一作者：Alexandr Pak

实验表明完全头固定造成的前庭冲突会破坏头向细胞编码，头—躯干约束也改变群体吸引子动力学；这些动力学在运动开始前数百毫秒恢复，模型显示扰动侧向连接可复现实验，提示预期自运动信号具有稳定作用。

推荐理由： 把行为状态、预测性运动信号与神经环形吸引子联系起来，兼具实验与模型证据，和主动感知及非平衡神经动力学高度相关。

黏弹性剪切流中球形与扁球形颗粒的动力学

Dynamics of spherical and oblate particles in a viscoelastic shear flow

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Zhenyu Ouyang

研究以直接强制虚拟区域法和 Oldroyd-B 模型考察颗粒在黏弹性剪切流中的迁移与转动。结果显示弹性改变球形颗粒平衡位置、减慢扁球旋转，并在惯性—弹性竞争下产生六类运动模式及转动锁定。

推荐理由： 系统刻画黏弹性、惯性与非球形颗粒动力学的耦合，是软物质流变学的具体交叉问题。

湍流边界层中内孤立波下方的旁路转捩

Bypass transition beneath internal solitary waves in turbulent boundary layers

Journal of Fluid Mechanics · 第一作者：Andrés Posada-Bedoya

三维高分辨率谱模拟显示，层流环境中内孤立波下的转捩由模态不稳定性控制，而背景湍流会激发近壁流向条带并经二次不稳定产生湍流爆发，使转捩位置向波谷移动。

推荐理由： 清楚揭示自然湍流环境下不同于层流模型的旁路转捩机制，对非平衡流动与输运研究有较高价值。

p97–Ufd1–Npl4–FAF1 机器处理底物的结构动力学

Structural dynamics of substrate processing by the p97-Ufd1-Npl4-FAF1 machinery

Nature Communications · 第一作者：Athina Drakonaki

冷冻电镜显示远端泛素覆盖 Npl4，起始泛素从其沟槽延伸至 ATPase 通道；Npl4 塔区随马达螺旋阶梯构象变化自适应，FAF1 与 Ufd1 共同接触近端泛素并提供底物输送所需的结构可塑性。

推荐理由： 解析 AAA-ATPase 分子机器的动态协同与底物加工路径，对结构生物物理有具体价值。

扩散模型从联想记忆的记忆化与泛化中涌现

Emergence of diffusion models from associative memory through memorization and generalization

Nature Communications · 第一作者：Bao Pham

作者以稠密联想记忆解释扩散模型生成过程：小数据时样本形成独立吸引子，数据增多后进入泛化；理论预测的中间相出现非训练样本的伪状态，实验在多种架构和数据集上观察到该现象。

推荐理由： 能量景观、容量转变和涌现状态与统计物理高度相邻，但对象主要是机器学习模型。

生物物理适应度景观设计的相图

Phase diagrams for biophysical fitness landscape design

bioRxiv · 第一作者：Mohanty, V. · 通讯作者：Vaibhav Mohanty

作者推导抗体控制下病毒表面蛋白进化的适应度景观设计相图，给出不同序列适应度可独立调节程度的可设计边界，并用六万余种抗体变体与三种流感糖蛋白的结合数据构建实验相图，结果与理论接近。

推荐理由： 把进化动力学、结合生物物理与可控景观的统计理论结合，具有明确方法新意和主线相关性。

预印本，尚未经同行评议。

用多尺度动力学蒙特卡洛解析蛋白质—小分子结合的物理机制

Decoding the Physical Mechanisms of Protein-Small Molecule Association by Multiscale Kinetic Monte-Carlo Simulations

bioRxiv · 第一作者：Su, Z. · 通讯作者：Yinghao Wu

作者构建原子级柔性配体、粗粒化结合口袋与原子位阻包络相结合的蒙特卡洛框架，将结合拆分为相遇、入袋和有效结合三阶段。十个复合物的比较显示入袋速率与实验相关性最强，并揭示疏水、氢键和扭转柔性对各阶段的不同影响。

推荐理由： 以可解释多尺度动力学分解分子识别过程，明确关联模拟速率与实验，是高度相关的计算生物物理方法。

预印本，尚未经同行评议。

以 D2O 替代 H2O 可降低生物样品冷冻电镜辐射损伤

Replacing H2O with D2O in cryo-EM reduces radiation damage in biological samples

bioRxiv · 第一作者：Chevalier Kwon, M. · 通讯作者：Jan Pieter Abrahams

200 kV 冷冻电子衍射实验显示，直接在 D2O 中生长的溶菌酶晶体，其布拉格强度衰减至 1/e 前可承受的剂量约为 H2O 样品的 1.7 倍。保护主要来自溶剂及蛋白表面可交换氢的氘化，无需在氘代培养基中表达蛋白。

推荐理由： 以清晰物理机制和定量实验给出降低辐射损伤的简便方案，对生物成像与结构生物物理具有较高价值。

预印本，尚未经同行评议。

用蛋白质语言模型预测蛋白质静电性质

Predicting protein electrostatics with protein language models

Nature Communications · 第一作者：Mingzhe Shen

作者提出基于 ESM 的序列模型预测可电离残基 pKa，在四个基准上优于替代方法，并报告其在缺乏进化支持的埋藏工程突变上性能下降；全蛋白组应用可辅助识别功能位点。

推荐理由： 面向蛋白质静电与分子模拟的方法学较有用，但核心是机器学习预测而非软物质或非平衡机制。

多巴胺结合适配体复合物中的非常规 DNA 架构

Unconventional DNA architecture in a dopamine–bound aptamer complex

Nature Communications · 第一作者：Emily Hoi Pui Chao

NMR 结构显示 RKEC1 在结合多巴胺后形成紧凑折叠，既无 Watson–Crick 双链区也无 G 四链体核心；原子细节解释其配体选择性，并用于指导生物传感器设计。

推荐理由： 提供核酸折叠能景与分子识别的直接结构证据，对生物大分子软物质研究有价值。

Argonaute-2 与 CK1α 的结构动力学促进微小 RNA 靶标释放

Structural dynamics between Argonaute-2 and CK1α promote target RNA release in microRNA-mediated silencing

Nature Communications · 第一作者：Ankur Garg

研究给出人 Ago2 结合向导与靶 RNA 的结构图景，观察补充配对推进时 RISC 的构象变化及 CK1α 结合，并提出分级磷酸化与 RNA 解旋共同促进靶标释放和复合物周转。

推荐理由： 结构与动态机制清晰，适合关注分子机器与核酸调控动力学的生物物理读者。

HCN 通道胞外塔区作为电压传感器—孔耦联的结构枢纽

The extracellular turret as a structural hub for voltage sensor-pore coupling in HCN channels

Nature Communications · 第一作者：Kaei Ryu

丙氨酸扫描、膜片钳荧光测量和结构分析表明，HCN4 胞外塔区若干残基对超极化门控必需；相关突变保留 S4 激活却破坏塔区变化，从而使电压传感与孔开放解耦。

推荐理由： 直接阐明离子通道机电耦联机制，具有明确膜蛋白生物物理价值。

细菌机械敏感通道何时被激活？

When do bacterial mechanosensitive channels get activated?

bioRxiv · 第一作者：S B, S. S. · 通讯作者：Christoph F. Schmidt

作者以双层细胞包膜模型、有限元模拟和非线性分析研究渗透压骤降时肽聚糖与质膜的张力分配。模型预测约 11 个大气压可展开 50% 的质膜储备并触发通道，削弱肽聚糖会使通道更早激活。

推荐理由： 把膜储备、细胞壁力学与非平衡渗透冲击下的通道门控直接联系起来，是高度相关的细胞软物质问题。

预印本，尚未经同行评议。

跨液—固界面的单分子纳米孔传感

Single molecule nanopore sensing across a liquid-solid interface

bioRxiv · 第一作者：Chau, C. C. C. · 通讯作者：Paolo Actis

研究以固态聚合物电解质替代传统液态 trans 腔，展示 DNA、DNA 纳米结构和核糖体可从液体经固态纳米孔进入固体并保持单分子分辨率。实验报告事件幅度、驻留时间和事件率提升，有限元模型指向支持离子传导与输运的纳米液—固界面。

推荐理由： 将界面离子输运、纳米流体与单分子检测结合，提出可储存、低液体操作的新型传感架构，和软物质及生物物理主线高度相关。

预印本，尚未经同行评议。

用于成像荧光相关光谱的视觉 Transformer 框架

Vision Transformers as a Framework for Imaging Fluorescence Correlation Spectroscopy

bioRxiv · 第一作者：Sim, S. R. · 通讯作者：Thorsten Wohland

ImFCSViT 直接处理原始荧光图像序列，绕过会丢失高阶信息的自相关函数，以约 2.5 秒数据同时估计扩散系数、粒子密度、亮度和点扩散函数参数，并报告可分辨脂质双层与活细胞膜中的空间异质慢扩散亚群。

推荐理由： 直击扩散与涨落测量的信息瓶颈，显著缩短采样并解析异质动力学，和生物物理主线高度契合。

预印本，尚未经同行评议。