用蛋白质语言模型预测蛋白质静电性质

Predicting protein electrostatics with protein language models

Nature Communications · 第一作者：Mingzhe Shen

作者提出基于 ESM 的序列模型预测可电离残基 pKa，在四个基准上优于替代方法，并报告其在缺乏进化支持的埋藏工程突变上性能下降；全蛋白组应用可辅助识别功能位点。

推荐理由： 面向蛋白质静电与分子模拟的方法学较有用，但核心是机器学习预测而非软物质或非平衡机制。

多巴胺结合适配体复合物中的非常规 DNA 架构

Unconventional DNA architecture in a dopamine–bound aptamer complex

Nature Communications · 第一作者：Emily Hoi Pui Chao

NMR 结构显示 RKEC1 在结合多巴胺后形成紧凑折叠，既无 Watson–Crick 双链区也无 G 四链体核心；原子细节解释其配体选择性，并用于指导生物传感器设计。

推荐理由： 提供核酸折叠能景与分子识别的直接结构证据，对生物大分子软物质研究有价值。

Argonaute-2 与 CK1α 的结构动力学促进微小 RNA 靶标释放

Structural dynamics between Argonaute-2 and CK1α promote target RNA release in microRNA-mediated silencing

Nature Communications · 第一作者：Ankur Garg

研究给出人 Ago2 结合向导与靶 RNA 的结构图景，观察补充配对推进时 RISC 的构象变化及 CK1α 结合，并提出分级磷酸化与 RNA 解旋共同促进靶标释放和复合物周转。

推荐理由： 结构与动态机制清晰，适合关注分子机器与核酸调控动力学的生物物理读者。

HCN 通道胞外塔区作为电压传感器—孔耦联的结构枢纽

The extracellular turret as a structural hub for voltage sensor-pore coupling in HCN channels

Nature Communications · 第一作者：Kaei Ryu

丙氨酸扫描、膜片钳荧光测量和结构分析表明，HCN4 胞外塔区若干残基对超极化门控必需；相关突变保留 S4 激活却破坏塔区变化，从而使电压传感与孔开放解耦。

推荐理由： 直接阐明离子通道机电耦联机制，具有明确膜蛋白生物物理价值。

细菌机械敏感通道何时被激活？

When do bacterial mechanosensitive channels get activated?

bioRxiv · 第一作者：S B, S. S. · 通讯作者：Christoph F. Schmidt

作者以双层细胞包膜模型、有限元模拟和非线性分析研究渗透压骤降时肽聚糖与质膜的张力分配。模型预测约 11 个大气压可展开 50% 的质膜储备并触发通道，削弱肽聚糖会使通道更早激活。

推荐理由： 把膜储备、细胞壁力学与非平衡渗透冲击下的通道门控直接联系起来，是高度相关的细胞软物质问题。

预印本，尚未经同行评议。

跨液—固界面的单分子纳米孔传感

Single molecule nanopore sensing across a liquid-solid interface

bioRxiv · 第一作者：Chau, C. C. C. · 通讯作者：Paolo Actis

研究以固态聚合物电解质替代传统液态 trans 腔，展示 DNA、DNA 纳米结构和核糖体可从液体经固态纳米孔进入固体并保持单分子分辨率。实验报告事件幅度、驻留时间和事件率提升，有限元模型指向支持离子传导与输运的纳米液—固界面。

推荐理由： 将界面离子输运、纳米流体与单分子检测结合，提出可储存、低液体操作的新型传感架构，和软物质及生物物理主线高度相关。

预印本，尚未经同行评议。

用于成像荧光相关光谱的视觉 Transformer 框架

Vision Transformers as a Framework for Imaging Fluorescence Correlation Spectroscopy

bioRxiv · 第一作者：Sim, S. R. · 通讯作者：Thorsten Wohland

ImFCSViT 直接处理原始荧光图像序列，绕过会丢失高阶信息的自相关函数，以约 2.5 秒数据同时估计扩散系数、粒子密度、亮度和点扩散函数参数，并报告可分辨脂质双层与活细胞膜中的空间异质慢扩散亚群。

推荐理由： 直击扩散与涨落测量的信息瓶颈，显著缩短采样并解析异质动力学，和生物物理主线高度契合。

预印本，尚未经同行评议。